Улица возникла в конце XIX века. Называлась Бондаревский переулок. Современное название улица получила в 1952 году, в честь русского врача-терапевта Сергея Боткина, открывателя «болезни Боткина».

Старая застройка улицы состояла из одноэтажных частных зданий, которые были снесены в 1986-87 годах и кладбища, где хоронили, в частности, погибших солдат Первой Мировой войны и преподавателей Киевского политехнического института, отпевая их в церкви Св. Марии Магдалины, снесенной большевиками в 1935 году.

ул. Борщаговская, угол Боткина. Жилая застройка конца 19 - начала 20 в. Снесена в 1980-х гг.

ул. Борщаговская, угол Боткина. Жилая застройка конца 19 - начала 20 в. Снесена в 1980-х гг.

ул. Борщаговская, угол Боткина. Жилая застройка конца 19 - начала 20 в. Снесена в 1980-х гг.

ул. Борщаговская, угол Боткина. Жилая застройка конца 19 - начала 20 в. Снесена в 1980-х гг.

ул. Боткина, 3, 5, 7, 9, 11

ул. Боткина, 7. Снесен

ул. Боткина, 9 и 11 (последние нечетные номера, недалеко от перекрестка с ул. Политехнической)

весна 1987г. ул. Боткина, 11 и 13 (недалеко от перекрестка с ул. Политехнической). Снесено в конце 1987г.

весна 1987г. ул. Боткина, 11 и 13